《铃芽之旅》以日本“311”大地震为题材，根据同名小说《铃芽之旅》改编而成，被誉为“新海诚”“灾难三部曲”的终极版。

女主岩户铃芽，十七岁，住在九州大陆一座安静的小城镇，她从小就经常会做同样的一个梦，那就是她还年幼时，在一堆残垣断壁中，她在寻找母亲，在她的梦境中，她忧郁而焦躁，而在她的梦境中，却有一位白裙女子，她身姿纤细，脸上带着淡淡的微笑，在梦境中，她喊着自己的名字，铃芽。

只是，岩户铃芽并不知道，眼前的女子，就是她未来的自己，岩户铃芽的母亲，在她四岁那年，在一场大地震中死去了，这件事一直困扰着岩户铃芽，让她难以释怀，也难以释怀。

这一天，她照例被姑姑叫醒，她骑着粉红色的脚踏车，穿过蔚蓝色的海岸，在那里，她见到了“正在找门”的流浪少年草太郎。

茅屋看起来很是雅致，很是美丽，玲芽并不知道，草屋是一位隐士，他向玲芽打听周围的遗迹，想要找到一条通往外界的道路，这时，玲芽被这座茅屋所吸引，下意识的跟着草屋，进入了一片遗迹之中。

玲芽在这片残破的土地上发现了一道白色的大门，她像是受到了什么吸引一般，下意识的伸手去触碰这道大门。

而玲芽刚一碰到那道门，那道门便自动开启，诡异的是，那道门的另一面竟是黑夜，玲芽大惊，她想要过去看一眼，可是玲芽却发现，只要跨过那道门，里面的画面便会消失，玲芽反反反复复地尝试了好几次，最后还是失败了，最后玲芽看到了一块类似于猫的岩石，玲芽出于好奇将岩石拉了出来，结果岩石突然活了过来，化作一只白色的小猫逃走了。

受惊的小丫头仓皇逃窜，然而，灾祸降临了……

玲芽也意识到自己惹了大麻烦，她不顾一切的往破落之地赶，当她赶到破落之地时，她看到了正在努力关闭破落之地大门的草太史，原来草太史是一位闭门人，他的职责就是关闭这些会给他带来灾厄的大门，为此他不得不周游天下。

事实上，被困在里面的怪物叫做蚯蚓，是灾祸的根源，经常会引起地震，对人类造成巨大的危害，而那只白猫则是一块非常重要的石头，用来守护大门。要石将白猫变成一个，三脚架的小孩子。

蚯蚓又一次想要从学校的废墟中跑出来，但是被改造成孩子座椅的草帽实在是太虚弱了，他只好向玲芽求助，草帽让玲芽想起了过去的事情，两人一起努力，终于将大门关上，玲芽很高兴，因为她成功的阻止了地震，但是，那只白猫又出现了，说大门还会再来......

草泰和玲芽在寻找白猫的过程中，找到了通往另一扇门的摩天轮，玲芽被眼前的一幕惊呆了，险些从摩天轮上摔下来，还好草泰及时赶到，草泰没想到玲芽竟然能够看到另一扇门，那扇门的另一端叫做常市，那里是蚯蚓的聚集地，也是死者居住的地方。

在与草太的接触中，玲芽喜欢上了草太，并决心保护草太直至他长大成人，但是要石却想要挣脱束缚，两个要石都化作了一只小猫，于是两个要石不但要关闭大门，同时也要抓住两只小猫，于是两个人一起踏上了旅途。

之后草太本就是要石头的责任，玲芽亲自把他钉在了封印处，失去草太本的玲芽决定去常市，而要石头所化的猫也跟着玲芽一同去了，最后还是白猫重新化作石头，帮助了玲芽。玲芽在她还小的时候，遇到了她，她对她说，不要怕未来，以后会有更多美好的事情等着你去做，要勇敢……